ГЛАВНЫЕ ТЕМЫ Все новости

ещё темысвернуть

Ученые считают, что следующий опасный вариант COVID, вероятно, уже существует

Почти месяц после третьго общенационального локдауна большая часть Англии, кажется, находится в спячке: магазины закрыты ставнями, центральные улицы пустынны, а поезда почти пустуют. Но в одной маленькой деревушке в сельской местности недалеко от Кембриджа на востоке Англии есть улей активности.

Сотрудники, одетые в белые лабораторные халаты и хирургические маски, снуют от машины к машине. Роботы и гигантские компьютеры настолько тяжелые, что их помещают на твердые стальные пластины, которые могут выдержать их вес, передает infobisness.ru.

Персонал Института Сангера - это гораздо больше, чем просто важные сотрудники. Прямо сейчас они выполняют одну из самых важных работ на Земле: генетически секвенируют коронавирус. Работа называется «Проект Херон».

Трудоемкий проект, в котором участвуют сотни людей, осуществляется недалеко от кембриджского паба. Сюда Фрэнсис Крик зашел в 1953 году, чтобы объявить, что «открыл секрет жизни» - структуру ДНК. Сегодня это открытие позволяет ученым обнаруживать опасные мутации в генетическом коде коронавируса. Те самые, что могут сделать пандемию намного опаснее, чем она есть.

Секвенирование в промышленном масштабе.


Каждый день в Институт Сангера прибывают фургоны с ящиками, полными образцов вирусов со всей Великобритании. Зеленые ящики загружаются в морозильную камеру промышленного размера, установленную на стоянке.

К этому моменту ватных тампонов больше нет. Образцы, как положительные, так и отрицательные, представляют собой раствор того, что осталось после первоначального тестирования. Ученым больше и не нужно.

Внутри лаборатории робот запрограммирован так, чтобы брать только положительные образцы с небольшой пластиковой тарелки, похожей на форму для маффинов, и складывать их на отдельный лоток, который запечатывается вручную. Сотни образцов собираются в одном флаконе. В другой лаборатории в него добавляют химикаты, встряхивают на небольшой машине, а затем плотно зажимают между двумя кусками стекла. Стеклянная пластина помещается в один из гигантских секвенсоров, который представляет собой громко гудящую машину, похожую на высокотехнологичный копировальный аппарат.

Пятнадцать часов спустя компьютер выдает столько генетических данных, что для их обработки за пределами площадки были построены целые серверные фермы. От начала до конца процесс занимает около пяти дней. Только в этой лаборатории еженедельно секвенируется около 10 000 образцов. Это примерно четверть от общего числа образцов, секвенированных в мире.

Затем следует самая сложная часть: разбор всех этих данных.

«Мы ищем мутации, которые могут сделать вирус более передаваемым или вызвать более серьезное заболевание. Это особенно важно теперь, когда вакцинирование началось по всему миру. Поэтому мы потенциально ищем мутации, которые, по нашему мнению, могут повлиять на «способность вакцин защищать людей», - сказал Юэн Харрисон, микробиолог, который помогает координировать работу сети ученых, работающих над геномикой COVID-19 в Великобритании.

Харрисон объясняет, что, если вы проанализируете достаточное количество населения, вы сможете увидеть, как вирус перемещался по сообществу и где были группы инфекций, включая события суперраспространения. «Это действительно суть того, для чего нужно вирусное секвенирование, и это действительно очень важно», - сказал он.

Харрисон сыграл ведущую роль в Консорциуме COVID-19 Genomics UK Consortium (COG-UK), состоящем из сотен ученых из университетов и лабораторий по всей стране, возникших в начале пандемии и работающих в унисон, чтобы создавать и осмысливать секвенирование генетических данных.

В поисках "британского штамма".

Менее двух месяцев назад эта сеть ученых на базе растущего количества британских генетических данных смогла выявить и отследить распространение варианта вируса, который теперь стал доминирующим в Великобритании. Впервые он был обнаружен в Кенте, сельском графстве, в котором сосредоточены одни из самых неблагополучных общин на юго-востоке Англии.

«Не все люди в Кенте устраивали домашние вечеринки и ходили в один и тот же супермаркет», - сказал CNN официальный представитель Министерства здравоохранения Англии Руэрид Вильяр. Поэтому его коллеги-ученые сразу же исключили фактор плохого поведения жителей.

Тем не менее ежедневное количество случаев заболевания в округе продолжало расти , при том, что оно падало в большинстве других частей Великобритании, которые находились в национальной изоляции.

Ученые нашли виновника в геномной базе данных Великобритании, которая в то время охватывала примерно один из каждых 10 положительных образцов COVID-19 в стране.

Хитрый штамм вируса, названный B.1.1.7, циркулировал в графстве Кент, как минимум, с сентября. По словам главного научного консультанта Британии Патрика Валланса, он распространяется на 30-70% легче исходного вируса .

Вскоре B.1.1.7 был обнаружен в столице и по всей стране. Сейчас он замечен, как минимум, в 70 странах и в большинстве штатов США. CDC заявляет, что к марту он может стать доминирующим штаммом коронавируса в США.

Профессор Кембриджского университета Рави Гупта заявил, что, судя по тому, как быстро он распространился в Великобритании, «вполне вероятно, что то же самое произойдет и в США».

В своей лаборатории Гупта показал CNN «филогенетическое генеалогическое древо» - эквивалент ancestry.com для COVID-19. На этом древе B.1.1.7 выглядит как троюродный брат, дважды удаленный от исходного коронавируса, впервые обнаруженного в Ухане, Китай. Генетическое различие составляет 23 мутации, но настоящая странность в том, что у B.1.1.7 мало близких «родственников».

«Мы нашли их незначительное количество, практически не было последовательностей, сильно связанных с вариантом B.1.1.7. Другими словами, он появился из ниоткуда», - сказал Гупта.

Ученые вряд ли когда-нибудь найдут «нулевого пациента» - носителя нового варианта, но у них есть теория.

В прошлом году Гупта изучал пациента с COVID-19 с ослабленной иммунной системой, который не мог избавиться от вируса более трех месяцев. Внутри тела, которое было не в состоянии сопротивляться, вирус успел мутировать гораздо быстрее, чем передавался от человека к человеку в популяции.

Гупта сравнил вирус своего пациента, в конце концов умершего, с базой данных секвенирования и обнаружил, что уже циркулирует вирус, который разделяет одну ключевую мутацию с его пациентом: B.1.1.7.

«Это было действительно поразительно», - сказал он. У пациента не было B.1.1.7. Но объем мутаций в его организме показал Гупте, что «очень даже вероятно», что это был «нулевой пациент» B.1.1.7., человек с ослабленным иммунитетом. Ученый Харрисон тоже так считает.

Подпишитесь на нас в Odnoklassniki, если хотите знать больше

Нашли ошибку в тексте? Выделите ее и нажмите Ctrl+Enter


Ещё
load